El colegio tuvo su inicio cuando nuestro ministerio hizo una escuela bíblica de vacaciones para niños de la comunidad en 1990. Llegaron unos 500 niños. Muchos de ellos no estudiaban en ese entonces, Villa Nueva tenía una población de unos 250,000 personas y solo contaba con una escuela del gobierno. Casi no había ningún colegio aquí en este área.
El Centro Educativo Cristiano Liga de Vida Nueva recibió su acreditación con el Ministerio de Educación en el año 1991. Comenzamos solo con pre-primaria y primaria. En 1999 agregamos el nivel básico. En 2009 iniciamos el primer programa de educación especial y educación para niños con problemas de aprendizaje. En 2014 y como parte de este nuevo programa, recibimos el primer estudiante sordo.
En el año 2020 se abrió el nivel diversificado con Bachillerato en Ciencias y Letras con orientación en: Computación, Diseño Grafico y Música. En 2023 añadimos Bachillerato en Finanzas y Perito Contador.